故事发生于19世纪，主人公——汤姆·索亚是一个调皮机灵的孩子，受着波莉姨妈的监护。波莉姨妈罚汤姆刷墙，汤姆便忽悠其他孩子帮忙。淘气的汤姆也让姨妈十分无奈。
汤姆最好的朋友是“野孩子”哈克，两人都喜欢冒险。汤姆提出要当海盗，两人相约去墓地里试胆。夜晚两人前往墓地埋死猫却意外看到了一起凶杀案：鲁滨逊医生来墓地找尸体做实验，却被同行的印江。乔埃杀害并嫁祸给另一位同伴酒鬼波特。目睹着一切的汤姆和哈克被吓到了，决定不把这件事说出去。
汤姆和哈克害怕被乔埃被发现，两人带上另一个伙伴坐船逃到了一座荒岛做起了“海盗”。他们吃着一些从家里带的和找到的食物，在荒岛上过着自由，无忧无虑的生活。
另一边，小镇沉浸在悲伤之中，以为汤姆他们被淹死了，亲人们为他们举办了葬礼。此时“小海盗”坐木筏们回到了小镇，出现在自己的“葬礼”上，所有人都很震惊，冲上前嘘寒问暖。
没过几天，波特杀人案开审了，汤姆内心十分挣扎，害怕被乔埃报复又不希望波特被冤枉，最终正义战胜了恐惧，他指证了凶手乔埃，大家惊呆了，场面很慌乱，乔埃趁乱逃走了。
接着汤姆发现了一张海盗的藏宝图，他和哈克前去“鬼屋”探险寻宝。在里面遇到了也来寻宝的乔埃与另一个同伴。两个孩子跟在乔埃他们身后，意外听到了第二个藏宝点。
汤姆的同班同学贝基，是撒切尔法官的女儿，也是汤姆暗恋的对象，她听了汤姆讲述的精彩的探险经历，决定与汤姆一同去寻找第二个宝藏。可汤姆和贝基在藏宝的山洞中迷路了，两人互相帮助，往前探路。在途中，遇到了寻宝的乔埃二人，汤姆和贝基巧妙地躲避开了。整整三天三夜，没有任何结果，贝基已经不报有任何希望了，累得呆在原地。汤姆独自一人前去寻路，放出风筝线固定在一个地方，边往前走边放下风筝线做记号直到后来风筝线不够用了，汤姆沿着做记号的风筝线原路返回，路上发现了一小块阳光，终于找到了出口，汤姆兴奋的跑回去寻找贝基，“苦口婆心”地劝说奄奄一息的贝基跟他一起出去。出了山洞，他们招呼路过的船夫，被安全带回了家。
大家十分兴奋，汤姆和贝基回来了！汤姆在与法官聊天过程中，意外得知洞口被封住了，但乔埃还在里面，十分着急。
后来汤姆与哈克再次进入山洞，乔埃早已饿死，也算是“善有善报，恶有恶报了”。两个孩子在第二个藏宝点的十字架底下挖出了一块大石头，底下是满满的宝藏。
汤姆与哈克成为了镇里的“富豪”和“小英雄”，成为了小镇的一个传奇……