从前在密西西比河畔的一个普通小镇上，有一个孩子叫汤姆索亚，他由姨妈抚养，是一个调皮的孩子。
镇上有一个孩子叫做哈克贝利费恩，是一个流浪儿，他游手好闲，大人们都不喜欢他，可汤姆和他却是好朋友。
有一次他们为了测试胆量，约好去墓地埋死猫，却看到了意想不到的一幕：医生，印第安人印江乔埃和莫夫波特在争吵。在撕打中，印江乔埃把医生杀死了，又嫁祸于晕倒的波特。汤姆和哈克吓坏了，怕乔埃追杀他们俩，立了血誓，绝不泄密。
波特被捕了，汤姆十分内疚，常常去看他，此时的汤姆事事不顺，他觉得没有人关心他，于是他就和哈克，乔一起到杰克逊岛上当“小海盗”，但没过多久，他们便发现镇上的人在找他们，最终，他们仨在镇民为他们举行葬礼时回来了。夏天来临，却使汤姆更紧张：法官即将审判波特。汤姆战胜了恐惧，说出了凶手，但凶手却逃走了。
后来，汤姆提出一个主意：寻找宝藏。他又叫上了哈克，两人一起去鬼屋寻宝，却意外发现了印江乔埃的不义之财。
在汤姆，贝琪和别的孩子野餐时，哈克得知印江乔埃要加害道格拉斯寡妇，幸亏哈克及时给老威尔斯报信，才避免了悲剧。
此时，汤姆和贝琪却在山洞中迷了路，他们还意外遇到了乔埃，乔挨却撒腿就跑。汤姆用风筝线探索出了一个出口，他回去说服了贝琪，终于，汤姆和贝琪走出了山洞。村民把洞口封死了，汤姆说印江乔埃还在洞中。当他们找到乔埃时，乔埃已经被饿死了！
后来，汤姆和哈克再次回到山洞，找出了宝藏，成为了一段传奇。